Posted in: Website/Blog

RSS:从鲜果网到feeder

以下原作于2014年11月

自从Google Reader被墙之后,换到了鲜果网,现在悲剧的时刻到来了:

致鲜果RSS阅读器用户:各位鲜果RSS阅读器用户,很遗憾的通知大家,鲜果团队将在2014年12月12日关闭RSS订阅服务。感谢大家长期以来的支持,希望大家理解我们的这一决定。 鲜果团队今后将更加专注于鲜果客户端的发展,为大家提供更优质的阅读体验。请到各大应用市场搜索“鲜果”或访问http://xianguo.com/apps下载鲜果客户端。 从即日起,RSS阅读器用户可以通过鲜果网导出自己的订阅数据,导出网址:http://xianguo.com/my/opml。用户以前收藏的文章还可以继续登录鲜果阅读。 如您希望继续使用其他RSS订阅服务,可参考罗昭锋老师的迁移教程 http://t.cn/R7gNUUP (同时提供视频 http://t.cn/R7gNUUv). 非常感谢罗昭锋老师! 谢谢! 鲜果团队

接下来先考虑inoreader吧。试用一段时间后再来报告

Posted in: Website/Blog

博客被疯狂刷流量了

以前博客遇到过被植入恶意代码的。这次黑客攻击更隐秘了,今天发现博客的流量居然已经达到了限额的90%(以前流量从来不会超过10%),我下意识的感觉肯定出问题了,马上联系客服。然后明白了需要去看 log 文件。果然,一堆的 IP 在频繁地 GET,几乎每几秒钟一个,简直达到了丧心病狂的程度。这堆 IP 全部来自于同一个地方:福建莆田电信

然后,在客服的指导下,开始向 .htaccess 里面写入语句:

Order Allow,Deny
Allow from all
Deny from XXX.XXX.XXX.XXX

OK,上传之后,再查看 log,所有的这些 IP 的 GET 请求全部变成了 403,表明已经 deny。

在此提醒广大博主:请注意经常监控流量、磁盘以及查看 log。

Posted in: Perl/R

安装 R 包的一些事

一、普通用户安装R包

现代版本的 R(4.X) 已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法,不再往系统目录里面安装包了,而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如,假设 R 的路径是:~/miniconda3/lib/R/bin/R,则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面(在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性)。所以此时已经完全不需要担心权限的问题,直接安装即可:

install.packages("packagename");
Posted in: Biology Science

利用 Trinity+IGV 将 BLAT 的结果可视化

课题组经常需要验证某个(或某些)注释的内含子是否存在,于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类,一类是高通量测序的 RNA-seq,这种 Map 比较简单,使用 tophat 处理即可得到比对结果,然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果(tophat 输出的是 bam 文件,在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引,否则速度慢得有你好受的……)

另一类是 EST,它们的序列比 RNA-seq 长一些,而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读,更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法,利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。

Posted in: Biology Science

从猴子到人

最近需要做一个课题需要涉及到与人近缘的物种,以前脑子里模模糊糊的印象有大猩猩、黑猩猩、猩猩,究竟谁排前面谁排后面仍然是一头雾水。今天正好整理了一下。

首先是到 ensembl 物种页面上找,看到长得像人(猴子)的,就记下来,一共找到 7 个,然后把这些名字输入到 NCBI 的物种分类网站上,定出大致的先后顺序。不过给出的结果把人、大猩猩、黑猩猩并列了,于是再到 TIME TREE 网站上找人与各个物种的分歧时间,结果出来了:应该先是黑猩猩,再是大猩猩。而且,其他6个物种与人都有分歧时间的数据。

附图:(那些数字就是分歧时间,单位:百万年)

Posted in: Study

好老师啊

10月2号时噩耗传来,那篇在 GBE 上拖了将近俩月的稿子被拒掉了,编辑的回信更是离奇,连审稿人的意见都没有,看来是根本没送审,就这么压在箱底压了俩月,最后来一句“新意不足”草草了事。

老师恰巧在那时外出了,于是我自己先修改文章格式,下一步考虑 Biology Direct。因为没有审稿意见,所以文章内容基本上不用动,不到一天就改好了,等待老师回来投稿。

老师昨天晚上才到北京,立马就赶来实验室。我们确认了一下修改的地方。由于 Biology Direct 需要有一个 Conclusion 的段落,以前投稿的几个杂志不需要,所以我完全自己撰写了一整段。以我自己的那个写作水平恐怕难以过关。不过这次老师基本上没动,仅在最后加了几句。

我们花了一个小时时间完成确认,然后上网填写资料、上传文件,OK,投稿完成。从退稿到再投,仅花了3天时间,想起国外某些老板把学生的文章一压就是 N年,我们的老师真 Nice 哇!

Posted in: Perl/R

CPAN 的配置与普通用户安装 Perl 模块

我以前曾经在讲 BioPerl 时有意无意地提到,安装 Perl 模块最简单的方法是:

把模块文件下载下来,放到自己的某个目录下面,再把该目录添加到自己的路径(~/.bashrc)里面。例如,以模块 List::MoreUtils 为例,它实际上代表一个名为 List 的文件夹,里面有一个名为 MoreUtils.pm 的文件。把这个文件夹放在自己的目录下面(例如,~/perlmodule/),再把~/perlmodule/目录添加到自己的 $PERL5LIB 变量里面就 OK 了。

export $PERL5LIB = $PERL5LIB:"~/perlmodule/"

自己曾经用这种傻瓜式的方法很长时间。但是这种方法只适合很简单的模块,稍微复杂一点的就不行了,比如依赖于其它模块的,或者需要复杂“处理”的。

Back to Top