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GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:

一、GFF3转成GTF

gffread  old.gff3 -T -o new.gtf

二、GTF转成GFF3

gt gtf_to_gff3 old.gtf >new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。


最后更新于 2020 年 12 月 31 日 作者 springwood

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