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使用 Vue 开发生物信息学数据库的体会

这不是教程,而是我的随笔✏️

自从前年刚入职的时候猛干 7 天 Flask 开发之后,我就感觉 Flask 做后端还马马虎虎,做前端实在是在笨重了。所以萌生了上框架的想法。早在 2017 年时我就曾经尝试看 Vue 教程,结果因为看不懂放弃了,有点可惜。去年开始开发新项目时,知道这个项目负责,不上框架很可能搞不定。于是硬着头皮学习 Vue3,配个 ChatGPT 的帮助,终于搞定了。

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用 chatGPT API 武装了一下 macOS

3月1日(日本时间则是3月2日) chatGPT API 发布,从此不用每次都傻傻地打开那个聊天窗口一问一答,而是可以把 AI 服务更加无缝地结合在自己的电脑里。当然这不是永久免费使用的,只是给了每个新注册账户(必须要非中国的手机号认证!)18美元的免费额度,看样子好像是4月1日到期,不确定后面是否还有。

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7天用 Flask 开发完一个生物信息学数据库的体会

这不是教程,而是我的随笔✏️

以前,做普通计算时用 Perl,开发数据库网页后台却用 PHP,然后前端还要用 JavaScript,简直要把人折腾死。后来普通计算从 Perl 转到 Python,发现 Python 有个工具叫做 Flask 可以代替 PHP 作为网页后台,那就方便了,能省用一种语言。

第一个 Flask 开发的工具是 2019 年刚开始学 Python 时开发的一个 Pipeline,不涉及数据库查询,只是接收输入、后台计算,得到结果,页面只有一个,比较简单。

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收到了来自国外的快递🏣:我会被传染新冠🦠吗?

最近各地几起病例都找不到源头,于是就甩锅给境外邮件。上面一甩锅,下面就得执行,小区门口马上设立“入境邮快件接收点”和“境外快递包装📦弃置桶”,以显示认真尽责的态度。按现在的规定:境外快递的收件人必须在接收点实名登记、戴着手套🧤和护目镜🥽,当场拆封、消毒、丢弃外包装。

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最难懂的中学语文课文之一《这个世界的音乐》

这篇文章出现在我上高一时的语文书上(人教版2003版)。原作者是托马斯·刘易斯(Lewis Thomas),来自他的著作《细胞生命的礼赞——一个生物学观察者的手记》(1974年)(The Lives of a Cell: Notes of a Biology Watcher)。翻译者是湖南科学技术出版社《第一推动丛书》。该文章的英文原名叫做:The Music of This Sphere,中文译名:《这个世界的音乐》。难点在文章的最后一段,我当时的语文老师直言:怎么看都看不懂

英文原文发表在著名的《新英格兰杂志》上(New England Journal of Medicine)。中文原文由于官方不公开,我只好从第三方随便搞一个。

下面我就把课本上的中文译文和英文原文对照起来一起展示。

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GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:

GFF3转成GTF

gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F   preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E   show all warnings

GTF转成GFF3

gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。

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PharmGKB数据库中的基因下载页面

PharmGKB有一个隐藏得很深的基因下载页面,在这里可以下载获得各种excel格式的Haploid定义表、功能表、频率表等。

URL是:https://www.pharmgkb.org/page/cyp2a6RefMaterials,把其中的cyp2a6替换成自己要的基因即可。

全部的基因列表是:https://www.pharmgkb.org/page/pgxGeneRef

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