3月1日（日本时间则是3月2日） chatGPT API 发布，从此不用每次都傻傻地打开那个聊天窗口一问一答，而是可以把 AI 服务更加无缝地结合在自己的电脑里。当然这不是永久免费使用的，只是给了每个新注册账户（必须要非中国的手机号认证！）18美元的免费额度，看样子好像是4月1日到期，不确定后面是否还有。
分类： Biology Science
7天用 Flask 开发完一个生物信息学数据库的体会
这不是教程，而是我的随笔✏️
以前，做普通计算时用 Perl，开发数据库网页后台却用 PHP，然后前端还要用 JavaScript，简直要把人折腾死。后来普通计算从 Perl 转到 Python，发现 Python 有个工具叫做 Flask 可以代替 PHP 作为网页后台，那就方便了，能省用一种语言。
第一个 Flask 开发的工具是 2019 年刚开始学 Python 时开发的一个 Pipeline，不涉及数据库查询，只是接收输入、后台计算，得到结果，页面只有一个，比较简单。
这次开发的是真正的数据库，多个页面，需要与 MySQL 对接，而且也有 Pipeline 的内容。一共花了 7 天时间。生物信息学数据库与传统IT不一样的在于它多为纯查询类，不允许用户进行数据的增加、删除、修改，看起来应该很简单，但由于经常涉及到后台计算，可能还会碰到多线程分配问题。下面列条目说一下体会：
收到了来自国外的快递🏣：我会被传染新冠🦠吗？
最近各地几起病例都找不到源头，于是就甩锅给境外邮件。上面一甩锅，下面就得执行，小区门口马上设立“入境邮快件接收点”和“境外快递包装📦弃置桶”，以显示认真尽责的态度。按现在的规定：境外快递的收件人必须在接收点实名登记、戴着手套🧤和护目镜🥽，当场拆封、消毒、丢弃外包装。
最难懂的中学语文课文之一《这个世界的音乐》
这篇文章出现在我上高一时的语文书上（人教版2003版）。原作者是托马斯·刘易斯（Lewis Thomas），来自他的著作《细胞生命的礼赞——一个生物学观察者的手记》（1974年）（The Lives of a Cell: Notes of a Biology Watcher）。翻译者是湖南科学技术出版社《第一推动丛书》。该文章的英文原名叫做：The Music of This Sphere，中文译名：《这个世界的音乐》。难点在文章的最后一段，我当时的语文老师直言：怎么看都看不懂。
英文原文发表在著名的《新英格兰杂志》上（New England Journal of Medicine）。中文原文由于官方不公开，我只好从第三方随便搞一个。
下面我就把课本上的中文译文和英文原文对照起来一起展示。
GTF与GFF3的相互转换
GTF虽然比较古老，但确实有些软件（即使是最近的，例如SQANTI）会用到。转换的方法可能有各种各样，下面给出我实践过可行的方法：
一、GFF3转成GTF
gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E show all warnings二、GTF转成GFF3
gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf？主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉（我手头上的v1.5.8），所以不用了。
PharmGKB数据库中的基因下载页面
PharmGKB有一个隐藏得很深的基因下载页面，在这里可以下载获得各种excel格式的Haploid定义表、功能表、频率表等。
URL是：https://www.pharmgkb.org/page/cyp2a6RefMaterials，把其中的cyp2a6替换成自己要的基因即可。
全部的基因列表是：https://www.pharmgkb.org/page/pgxGeneRef
从ENA下载SRA
最近（2020年以来），Aspera（ascp）无法从NCBI下载SRA了，但是可以用ENA下载。现在以（SRR10609482）为例，官方教程在此：
版本问题
目前 Aspera（ascp）最新的是4.2.X版，但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件，所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号，因此这里提供一个 URL 解析的结果，下载 3.11.2 版：
https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz第一步：获取准确链接
访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482，获取准确链接如下：
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082。