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最难懂的中学语文课文之一《这个世界的音乐》

这篇文章出现在我上高一时的语文书上(人教版2003版)。原作者是托马斯·刘易斯(Lewis Thomas),来自他的著作《细胞生命的礼赞——一个生物学观察者的手记》(1974年)(The Lives of a Cell: Notes of a Biology Watcher)。翻译者是湖南科学技术出版社《第一推动丛书》。该文章的英文原名叫做:The Music of This Sphere,中文译名:《这个世界的音乐》。难点在文章的最后一段,我当时的语文老师直言:怎么看都看不懂

英文原文发表在著名的《新英格兰杂志》上(New England Journal of Medicine)。中文原文由于官方不公开,我只好从第三方随便搞一个。

下面我就把课本上的中文译文和英文原文对照起来一起展示。

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GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:

一、GFF3转成GTF

gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F   preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E   show all warnings

二、GTF转成GFF3

gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。

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从ENA下载SRA

最近(2020年以来),Aspera(ascp)无法从NCBI下载SRA了,但是可以用ENA下载。现在以(SRR10609482)为例:

第一步:获取准确链接

访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482,获取准确链接如下:

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz

可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082