小时候没有电脑和网络，只能看《小学生时代》杂志过日子。我对一些科技玄幻的文章感兴趣，反复看了多次都能背下来了。遗憾的是现在虽然可以在网上找到一些资料，却很难还原文章本身了。现在能做的，只能是收集不同资料、同时发挥自己的记忆力，尽量还原原貌。
人们发现并登上南极洲大陆考察、勘探、绘制南极洲地形图，全是1820年以后的事了。但令人难以置信的是，有人在距今450年之前就已绘制出了南极地图，为我们留下了一个地理和地图研究史上的谜案。
分类： Science
GTF与GFF3的相互转换
GTF虽然比较古老，但确实有些软件（即使是最近的，例如SQANTI）会用到。转换的方法可能有各种各样，下面给出我实践过可行的方法：
GFF3转成GTF
gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E show all warningsGTF转成GFF3
gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf？主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉（我手头上的v1.5.8），所以不用了。
PharmGKB数据库中的基因下载页面
PharmGKB有一个隐藏得很深的基因下载页面，在这里可以下载获得各种excel格式的Haploid定义表、功能表、频率表等。
URL是：https://www.pharmgkb.org/page/cyp2a6RefMaterials，把其中的cyp2a6替换成自己要的基因即可。
全部的基因列表是：https://www.pharmgkb.org/page/pgxGeneRef
从ENA下载SRA
最近（2020年以来），Aspera（ascp）无法从NCBI下载SRA了，但是可以用ENA下载。现在以（SRR10609482）为例，官方教程在此：
版本问题
目前 Aspera（ascp）最新的是4.2.X版，但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件，所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号，因此这里提供一个 URL 解析的结果，下载 3.11.2 版：
https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz步骤
获取准确链接
访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482，获取准确链接如下：
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082。
日本各主要城市与我国东部城市纬度对照表
按纬度从北到南顺序
=== 北海道 ===
稚内 45°24′ 哈尔滨
旭川 43°46′ 长春
札幌 43°03′ 延边
函馆 41°46′ 沈阳
=== 东北地方 ===
青森 40°48′ 葫芦岛
仙台 38°15′ 沧州
新潟 37°54′ 石家庄
=== 关东地方 ===
东京 35°41′ 鹤壁
横滨 35°26′ 日照
=== 中部地方 ===
名古屋 35°10′ 菏泽
=== 近畿地方 ===
京都 35°00′ 临沂
大阪 34°41′ 郑州
=== 中国地方 ===
广岛 34°23′ 商丘
=== 四国 ===
松山 33°50′ 亳州
=== 九州 ===
福冈 33°35′ 淮安
熊本 32°48′ 阜阳
鹿儿岛 31°35′ 无锡
=== 冲绳 ===
那霸 26°12′ 福州（略偏南）
宫古 24°46′ 泉州
一些有意思的SNP
（一）参考基因组为minor allele
很多情况下，人类参考基因组上的碱基是major allele。但也有相当多的情况下，它们是minor allele，有时甚至是rare allele。
BRCA2基因上有一个变异位点编号为rs169547，为非同义突变。全世界98%的人都是等位基因C，只有2%的人是等位基因T。
但是参考基因组上的等位基因是T（GRCh37和38都是），这纯属侥幸。