最近（2020年以来），Aspera（ascp）无法从NCBI下载SRA了，但是可以用ENA下载。现在以（SRR10609482）为例，官方教程在此：
版本问题
目前 Aspera（ascp）最新的是4.2.X版，但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件，所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号，因此这里提供一个 URL 解析的结果，下载 3.11.2 版：
https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz第一步：获取准确链接
访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482，获取准确链接如下：
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082。
第二步：打开防火墙33001端口
-I INPUT -p tcp --dport 33001 -j ACCEPT
-I OUTPUT -p tcp --dport 33001 -j ACCEPT第三步：下载
ascp -P 33001 -v -k 1 -T -l 300m -i XXX/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR881/002/SRR8815512/SRR8815512_1.fastq.gz .
# 注意最后一个参数（.）不要忘记了（指下载目标路径）这样子还有一个好处：下载下来的就是gzip压缩的FASTQ，无需从SRA解压。
那么，中间那个奇怪的三位数是什么？
感觉规律是：
如果SRR后面是八位数，则它是0+SRR ID的最后两位，例如SRR10609482的中间三位数就是082。
如果SRR后面是七位数，则它是00+SRR ID的最后一位。例如SRR8815512的中间三位数就是002。
是否确定如此，目前我也没把握。
如果遇到错误？
如果看到下列错误：
Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH)
ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.这是说明对方服务器抽风了，等一段时间（有时是几个小时，有时是几天）即可。
ERR 和 DRR
还有些 ID 是 ERR 或 DRR 开头。ERR 与 SRR 规则一致，DRR 则没有中间三位数，因此比较简单。例如 DRR413624 的 URL 是：/vol1/fastq/DRR413/DRR413624/DRR413624_1.fastq.gz
最后更新于 2022 年 11 月 30 日 作者 springwood