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【儿时文章回忆系列】扑朔迷离的南极古地图

小时候没有电脑和网络,只能看《小学生时代》杂志过日子。我对一些科技玄幻的文章感兴趣,反复看了多次都能背下来了。遗憾的是现在虽然可以在网上找到一些资料,却很难还原文章本身了。现在能做的,只能是收集不同资料、同时发挥自己的记忆力,尽量还原原貌。

人们发现并登上南极洲大陆考察、勘探、绘制南极洲地形图,全是1820年以后的事了。但令人难以置信的是,有人在距今450年之前就已绘制出了南极地图,为我们留下了一个地理和地图研究史上的谜案。

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GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:

一、GFF3转成GTF

gffread  old.gff3 -T -o new.gtf

二、GTF转成GFF3

gt gtf_to_gff3 old.gtf >new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。

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从ENA下载SRA

最近(2020年以来),Aspera(ascp)无法从NCBI下载SRA了,但是可以用ENA下载。现在以(SRR10609482)为例:

第一步:获取准确链接

访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482,获取准确链接如下:

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz

可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082