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7天用 Flask 开发完一个生物信息学数据库的体会

这不是教程,而是我的随笔✏️

以前,做普通计算时用 Perl,开发数据库网页后台却用 PHP,然后前端还要用 JavaScript,简直要把人折腾死。后来普通计算从 Perl 转到 Python,发现 Python 有个工具叫做 Flask 可以代替 PHP 作为网页后台,那就方便了,能省用一种语言。

第一个 Flask 开发的工具是 2019 年刚开始学 Python 时开发的一个 Pipeline,不涉及数据库查询,只是接收输入、后台计算,得到结果,页面只有一个,比较简单。

这次开发的是真正的数据库,多个页面,需要与 MySQL 对接,而且也有 Pipeline 的内容。一共花了 7 天时间。生物信息学数据库与传统IT不一样的在于它多为纯查询类,不允许用户进行数据的增加、删除、修改,看起来应该很简单,但由于经常涉及到后台计算,可能还会碰到多线程分配问题。下面列条目说一下体会:

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Conda是什么

可能在很多网上都能找到跟Conda相关的教程。那么Conda到底有什么用呢?其实它的主要目的就是解决这种千古难题:

如何在老服务器(例如CentOS 6)上安装Python 3.8?R 4.0?Perl 5.26?而且你可能没有root权限?

在Conda出现之前,这个问题基本束手无策。Conda出现之后这个问题迎刃而解,所需要的前提只有一个:你拥有足够大的硬盘空间。在Conda下你的操作场景可能是:

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