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课题组经常需要验证某个（或某些）注释的内含子是否存在，于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类，一类是高通量测序的 RNA-seq，这种 Map 比较简单，使用 tophat 处理即可得到比对结果，然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果（tophat 输出的是 bam 文件，在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引，否则速度慢得有你好受的……）
另一类是 EST，它们的序列比 RNA-seq 长一些，而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读，更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法，利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。
最近需要做一个课题需要涉及到与人近缘的物种，以前脑子里模模糊糊的印象有大猩猩、黑猩猩、猩猩，究竟谁排前面谁排后面仍然是一头雾水。今天正好整理了一下。
首先是到 ensembl 物种页面上找，看到长得像人（猴子）的，就记下来，一共找到 7 个，然后把这些名字输入到 NCBI 的物种分类网站上，定出大致的先后顺序。不过给出的结果把人、大猩猩、黑猩猩并列了，于是再到 TIME TREE 网站上找人与各个物种的分歧时间，结果出来了：应该先是黑猩猩，再是大猩猩。而且，其他6个物种与人都有分歧时间的数据。
附图：（那些数字就是分歧时间，单位：百万年）
10月2号时噩耗传来，那篇在 GBE 上拖了将近俩月的稿子被拒掉了，编辑的回信更是离奇，连审稿人的意见都没有，看来是根本没送审，就这么压在箱底压了俩月，最后来一句“新意不足”草草了事。
老师恰巧在那时外出了，于是我自己先修改文章格式，下一步考虑 Biology Direct。因为没有审稿意见，所以文章内容基本上不用动，不到一天就改好了，等待老师回来投稿。
老师昨天晚上才到北京，立马就赶来实验室。我们确认了一下修改的地方。由于 Biology Direct 需要有一个 Conclusion 的段落，以前投稿的几个杂志不需要，所以我完全自己撰写了一整段。以我自己的那个写作水平恐怕难以过关。不过这次老师基本上没动，仅在最后加了几句。
我们花了一个小时时间完成确认，然后上网填写资料、上传文件，OK，投稿完成。从退稿到再投，仅花了3天时间，想起国外某些老板把学生的文章一压就是 N年，我们的老师真 Nice 哇！
我以前曾经在讲 BioPerl 时有意无意地提到，安装 Perl 模块最简单的方法是：
把模块文件下载下来，放到自己的某个目录下面，再把该目录添加到自己的路径（～/.bashrc）里面。例如，以模块 List::MoreUtils 为例，它实际上代表一个名为 List 的文件夹，里面有一个名为 MoreUtils.pm 的文件。把这个文件夹放在自己的目录下面（例如，~/perlmodule/），再把~/perlmodule/目录添加到自己的 $PERL5LIB 变量里面就 OK 了。
export $PERL5LIB = $PERL5LIB:"~/perlmodule/"
自己曾经用这种傻瓜式的方法很长时间。但是这种方法只适合很简单的模块，稍微复杂一点的就不行了，比如依赖于其它模块的，或者需要复杂“处理”的。
顽强的坚果铺子 -> 坚果云，功能越来越强大！运行状态也越来越稳定。十年来几乎没有出现过任何故障。2011 年刚开始使用时是作为“分享下载链接”的工具，但现在我已经作为文件同步工具的“网盘”来使用。
另外还有一个神奇的一点，坚果云是中国为数不多的只需要电子邮件即可注册的 app，无需验证手机号就可以使用全部功能。
在日本使用坚果云时网络连接也很稳定。
前段时间云诺的口号喊得很响，但是云诺有一个致命的缺陷：我分享的文件别人必须注册登陆才可以下载。那我要这玩意儿有什么用？还不如直接注册一个公共邮箱来得方便。
这段时间从坚果铺子的微博上搞到一个邀请号，开始使用坚果铺子，和云诺一样也支持Linux客户端。起初我图方便，使用网页操作界面上传并分享了一个文件，结果到其它电脑上一试：游客还是无法下载，必须登陆才能下载。
又到微博上抱怨了一番，这回居然有回应了：原来需要使用客户端来设置匿名分享，这回Linux客户端真的派上用场了。
坚果铺子将在本月底开放注册，届时看看大家的反应，我将慢慢地把博客中的一些下载链接转移到坚果铺子。
众所周知，IT 界有两只名声远扬的企鹅：一只是养得肥头大耳的腾讯红企鹅，一只是饿得瘦骨嶙峋的Linux黄企鹅，而且它们之间从来没有成功牵过手。
现在，我们将诞生一只蓝企鹅，为它们牵线。因为它使用了老版的 WebQQ 图标，故暂时称呼它为“蓝企鹅”。
我不在乎牵线是否成功（我很希望明年的今天能够成功），毕竟我付出过，就好。
gtkqq 项目主页：https://github.com/kernelhcy/gtkqq
PPA 地址：https://launchpad.net/~bill-zt/+archive/gtkqq， 现在我已经是它名义上的打包维护者啦
Ubuntu 论坛被盖楼过百层：http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?f=73&t=358133
时过境迁，红企鹅、黄企鹅与蓝企鹅全死了，现在变成了绿企鹅一统天下，令人想起了三国互斗最后西晋一统……
听说腾讯又开始用 Electron 折腾了。不过反正润了之后也不用红企鹅或绿企鹅了，让它们都消失在历史长河里吧。
