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使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列

以下2019/9/9更新

BioPython对efetch工具进一步做了整合,详情参考此博客以及BioPython中文页面。注意需要特别小心rettype的写法!

简单语法如下:

from Bio import Entrez

Entrez.email = '[email protected]'

fetch_handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=["X55964"], rettype="fasta", retmode="text") # id是列表

data = fetch_handle.read() # 字符串搞定

以下为2011年原文:

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回忆2006高考

2020年11月27日更新

现在互联网资源多了,有人居然制作了十几年前的高考卷pdf版

以下写于2011年6月7日

五年前的今天,浙江武义,不热,刚下过一场倾盆大雨,所以天气就不用愁了。

第一场是语文,心理素质不够强硬的人可能会被吓住:第1题就和以往的不一样了。


以往的第一题是给出四个选项,每个选项中列出4个词语的注音,选全部正确或有错误的一项。第二题也是给出四个选项,但每个选项中列出4个词语,也是选全部正确或有错误的一项。

但是这一次不一样了,是每个选项中给出了一句话,里面有注音,可能还有错别字,选择没有错别字且注音全部正确的一项。一下子由“词”变“句”,还好我稳住了,没被它吓倒。

在所有科目中,语文算是最不稳定的,它的随机因素太强了。然而今天我再去回望这份试卷时,倒是感觉异常轻快:原因也很简单呵——年级大了,阅历丰富了,那些阅读文章里的中心思想、意义什么都自然而然都明白了。作文话题是“生有所息/生无所息”,一个来自语文教科书里面的题目,所以还算好写,比今天刚爆出来的什么“世乒赛中国队包揽全部金牌”要好写哦。 🙂

第二场是理科综合,这是唯一一场全国统一命题的,也是分值最高,考好了可以笑傲江湖的,考砸了可以拉垮全局的。

发下答题卡来,看看最后两道生物题,就知道情况不妙:以往生物题都是简单的填空题,大家都习惯把生物看作理综的最简单部分。所以,选择题按照生物-化学-物理排列,非选择题按照物理-化学-生物顺序做题,也就是理所当然的。

但这次,最后两道生物题都不简单:一道是光合作用,一道是遗传育种,两道扬扬洒洒的实验设计大题,每题都留了好几十行空白,几乎就是两篇小作文。

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可怕的郯庐断裂带

今天是汶川地震3周年悼念日。在此先向五万遇难同胞表示深切哀悼。

      有人说李四光生前曾预言中国将会发生大地震的四个地方:邢台、唐山、四川、临沂。且不说他是否真的“准确”地预测了这四个地点(其实是没那么精确的),但位于华东地区的郯庐断裂带真的已经开始揪住我们的心了,不仅仅是地质学家,我们普通老百姓也得时刻关注着。
      如果不是因为这个“危险”断裂带的存在,我还不知道“郯”这个字该怎么读呢!这个字读“tán”,是山东省临沂市郯城县的缩写。另外一个地方,“庐”,是安徽省巢湖市庐江县合肥市庐江县的简称。读过《孔雀东南飞》的人对于“庐江”这个地名一定不陌生。
      1668年,即清朝康熙年间,郯城发生了8.5级特大地震,死亡5万余人。震感范围覆盖了整个中国东部。
      此后,郯庐断裂带似乎进入了一个平静期。
      1975年,位于该断裂带北延区的辽宁海城发生7.5级地震。而一向被认为最活跃的郯庐断裂带中段还在沉寂中……
      400多年后,它会不会再次复活?
      今天,这条断裂带周围已经形成了多个百万人口大都市,一旦大地“愤怒爆发”,徐州、合肥、南京、青岛乃至上海都未必能够幸免。

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清明小记

      我的生日便是清明节,准确地说是清明节的前一天,古称“寒食节”。在不少人看来这并不是什么很吉祥的节日,有朋友甚至感叹:这是唯一一个不能祝好友节日快乐的日子啊!
      其实并没有大家想象的那么恐怖,如今的清明更多的是意味着赏春踏青的大好时光。虽说2月5日即“立春”,3月21日即“春分”,但对于我国大部分地区尤其是北方地区来说,直到清明才是真正百花齐放的阳春时节。
      清明节隐藏着一个很深的玄机:我们知道我国大部分传统节日都是按照农历的日期来确定的,如春节(农历正月初一)、端午节(农历五月初五)、中秋节(农历八月十五)等,但也有那么少数几个传统节日却是按照公历日期来定的,清明节就是其中的一个。记得去年清明节我和朋友这么说时,他们“一百个不相信”。直到我拿出手机上的日历给他们看时,他们不得不信服了:每年的清明节一定在公历的4月4日~6日之间,而农历却是不确定的。不过,公历直到上个世纪才被引入我国,而清明节却是在奴隶社会末期就有了。那么以前人们是怎么计算出清明节的日期的呢?呵呵,不清楚。
      今年是我来到世界上的第22个年头,恰巧又是阴历生日和阳历生日十分接近的日子(这在每10年左右会出现一次),阴历生日那天领到了《教育学教育心理学合格证书》,阳历生日那天拿到了第一份家教工资💰 。
      四月还有两件值得自己纪念的事:我接触Ubuntu一周年,我搭建博客0.5周年。我将会抽时间好好纪念一下……

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看书看累了,过来写点

假如我能捧起一本鲁迅或金庸的小说,或者小驼书来看,不会看累的。关键是这几天在准备教师资格证考试,得看《教育学》和《教育心理学》,所以就有点累了。
      中国的好多文科教材(其实准确的说是所有的教材)都有这个毛病:不喜欢摆事实,喜欢讲道理;不喜欢画图,喜欢写文字;不喜欢说俗话,喜欢讲官话;不喜欢白描,喜欢铺叙排比。
      我就举几个例子,这样晚上躺在床上我还能用手机开着博客把这些内容背下来:

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索爱J108i使用一周体验

新买的索爱J108i手机已经使用一个礼拜了,发表一下感受:
(1)打电话和发短信:前者很清晰,后者速度快。很能满足我的要求了。有意思的是,大多数手机的短信收件箱是按照信息接收时间排列的,但是这款还可以按照收件人以“对话”的方式排列,很有意思。
(2)使用时间:不少人会关心这个问题,但不是很好回答,这和你使用的频率、方式有关了。制造商提供的数据只是待机时间,没什么用的。我的实际使用体验是:第一次充满电之后,可以使用五天。这款手机在待机状态下按下侧面的软键可以显示手机状态,其中会以“百分比”的方式显示手机剩余电量,很实用的。
      关于手机充电,有人要纠结两个问题了:
      问:应该把电池电量全部耗尽之后再充电,还是随用随充比较好?
      答:我查阅了一下手机的说明书,是这么写的:最大化电池性能的方法:经常为手机充电。如果您经常为电池充电,则可使用更长时间。索爱也算是个知名品牌了,应该不会骗我吧。看来还是随用随充比较好。
      问:充电时应该把手机关闭,还是打开?
      答:说明书上没说。我就通过这两点来判断:
      A:说明书上说:使用计算机给手机充电——使用附带的 USB 连接线将手机连接到 USB 端口,如果手机已关闭,当您使用 USB 连接线将其连接到计算机时,手机会自动开启。看来充电时可以把手机打开。
      B:上面说电池应该“随用随充”,显然应该把手机开着。否则岂不是每天都要开关手机了?
(3)上网:大多数人应该像我这样使用移动GPRS上网的,这款手机不用作任何设置就可以使用cmwap方式上网。至于3G网络么,对不起,我没那么多钱(这款手机支持联通3G网络)。上网速度还不慢。而且240×320的屏幕已经很满足我要求了。
(4)音乐播放:很棒,音色音质与我的MP3播放器一样。但是官方配置的耳机不大好,由于这款手机采用了标准的3.5mm耳机接口,我就把自己的MP3耳机插上去听音乐,效果就很好了。外放的音乐或铃声算是中等的响度。太响的手机我反而不喜欢,搞得像个小喇叭一样。
(5)拍照:200万像素,那么最大分辨率是1600×1200,拍白天的宏观物体很棒,拍微观物体(比如一个塑料罐头上的商标)就算了,还是拿自己的相机拍吧。至于夜间拍照就算了,我的相机都达不到很好的效果,更甭说手机了。

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回学校打开电脑发现……

今天早上6点半搭Z10次列车抵达北京,天刚朦朦亮,恰巧预定的手机也已送到,鼓捣了半天手机,睡了半天觉,直到傍晚才去实验室。
      一个寒假没用电脑了,就怕出什么事。开机,一切倒也正常。然后首先想到的是更新了。一点击更新管理器,居然发现有104个软件包要更新,总共达到230多个M!天那,我只离开了一个月不到呢!好在我选用的是北京交通大学的软件源,同地区同教育网,下载很快。但安装就很慢了,一共花了6分多钟。我一边等一边看,里面有内核更新、Xorg更新、Ooo、CUPS、adobe flash、samba、language pack for gnome en等,还有许多其它乱七八糟的东西。安装完之后重启电脑,发现Ubuntu也更新到10.04.2LTS了。
      接着我想登录中行网银查看一下银行账户。自然要开启XP虚拟机了,哪知启动Vbox中的XP之后,在登录界面却冒出了个对话框说:“XP需要激活,现在就激活吗?”奇怪,上个学期已经激活过的,怎么又来了?于是我点“确定”,只见对话框说:“XP已经激活,请点击‘确定’”。看来确实已经激活了,我满怀欣喜地点击“确定”。奇怪了,系统又回到了蓝色的登录界面,然后又说:“XP需要激活,现在就激活吗?”这下子掉入死循环了!!!循环了四五次之后,我无奈地重装了XP。
      关于虚拟机中的Windows的激活问题,不知各位有何高见?

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