沉舟侧畔 Blog – 第 24 页 – ⛵️ 新生的力量，生机勃勃 ⛵️

Biology Science

生信者的 Windows PC

Written by springwood 2015年9月20日2022年11月9日有 5 条评论

在过去的一年，历经波折，本以为要离开生信者行业，最后绕了一圈还是绕回来了。好在：博客不用改名了！ 🙂

在上研究生的五年期间，作为一个生信者，个人的工作 PC 安装了 Ubuntu Linux 操作系统，当时最直接的原因是不想用 WIndows 下丑陋的 putty 作为 SSH 客户端来连日连夜的工作。页面丑、中文支持不好、X 支持不好……反正是各种毛病。再加上当时刚接触 Linux，自然也想需要有一个能够自己操控的平台用于练习。于是，我就在那台 08 年的 HP PC 上连续用了 5 年 7 个版本的 Ubuntu：10.04、11.10、12.04、12.10、13.04、13.10、14.04，直到今年 6 月份毕业。

Ubuntu 作为一个大众化的 Linux 发行版相比于 Windows 来说确实有很多优点：上手容易 + 界面美观而又轻巧。但是，在 Ubuntu 上不能轻松地使用 QQ，也不能完整地使用 Office，最基本的办公成了最麻烦的问题。

一晃眼，5 年时间过去了，世界发生了翻天覆地的变化：Linux 热潮已大幅度消减，取代而之的是智能手机、移动 OS 的天下。我的观念也发生了翻天覆地的变化：办公的基础是软件，而非 OS。在 Windows 平台寻找 putty 等软件的替代品显然比在 Linux 平台寻找 QQ、Office 等软件的替代品要容易得多。从今年 7 月份入职以来，我重新使用 Win7 作为自己办公的 PC 平台。经过两个月来的摸索，终于搜出了一些合口味的工具软件，能够让生信人非常舒服地办公。

Hotmail 打击了我的博客

Written by springwood 2015年4月27日2020年12月31日有 11 条评论

我的博客沉寂有一段时间了，原因相当诡异：大概从今年年初开始，我莫名其妙地无法接收到来自虚拟主机的邮件，用户有留言评论我都不知道。既然都变成“聋子”了，我怎么还有兴趣打理？

直到前几天我实在忍无可忍，向衡天小张主机创建服务工单求助。按道理创建工单之后我将会收到一封邮件，结果 hotmail 邮箱里面啥也没有。这下子我有点明白了：不是 WordPress 的问题，而是虚拟主机自身的问题：Hotmail 无法收到来自衡天小张主机的邮件。

更换为新浪邮箱之后，测试了一下，邮件功能正常，用户留下评论后可以收到邮件通知了。

请大家帮忙测试啦！使劲留言

Biology Science

密码子的简并性

Written by springwood 2014年12月15日2024年4月10日有 1 条评论

“密码子简并”的概念在中学生物里就提过，即几个不同的密码子可以编码相同的氨基酸。但是密码子简并的规律之前却一直是模模糊糊的，趁这次刚完成类似的课题。趁热打铁总结一下：

首先，为了直观、方便地看密码子的简并，我们需要一张“环形密码子图”，而非通常教科书上的那种“方格形密码子表”。下面就是我常用的一张环形密码子图，它的核心由三个同心圆组成：由里到外分别表示第 1 位、第 2 位和第 3 位密码子，外圈是密码子编码的氨基酸及其理化特性。

RSS：从鲜果网到feeder

Written by springwood 2014年11月13日2021年10月22日有 9 条评论

以下原作于2014年11月

自从Google Reader被墙之后，换到了鲜果网，现在悲剧的时刻到来了：

致鲜果RSS阅读器用户:各位鲜果RSS阅读器用户，很遗憾的通知大家，鲜果团队将在2014年12月12日关闭RSS订阅服务。感谢大家长期以来的支持，希望大家理解我们的这一决定。鲜果团队今后将更加专注于鲜果客户端的发展，为大家提供更优质的阅读体验。请到各大应用市场搜索“鲜果”或访问http://xianguo.com/apps下载鲜果客户端。从即日起，RSS阅读器用户可以通过鲜果网导出自己的订阅数据，导出网址：http://xianguo.com/my/opml。用户以前收藏的文章还可以继续登录鲜果阅读。如您希望继续使用其他RSS订阅服务，可参考罗昭锋老师的迁移教程 http://t.cn/R7gNUUP (同时提供视频 http://t.cn/R7gNUUv). 非常感谢罗昭锋老师！谢谢！鲜果团队

~~接下来先考虑inoreader吧。试用一段时间后再来报告~~。

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Website/Blog

博客被疯狂刷流量了

Written by springwood 2013年12月29日2020年12月31日有 5 条评论

以前博客遇到过被植入恶意代码的。这次黑客攻击更隐秘了，今天发现博客的流量居然已经达到了限额的90%（以前流量从来不会超过10%），我下意识的感觉肯定出问题了，马上联系客服。然后明白了需要去看 log 文件。果然，一堆的 IP 在频繁地 GET，几乎每几秒钟一个，简直达到了丧心病狂的程度。这堆 IP 全部来自于同一个地方：福建莆田电信。

然后，在客服的指导下，开始向 .htaccess 里面写入语句：

Order Allow,Deny
Allow from all
Deny from XXX.XXX.XXX.XXX

OK，上传之后，再查看 log，所有的这些 IP 的 GET 请求全部变成了 403，表明已经 deny。

在此提醒广大博主：请注意经常监控流量、磁盘以及查看 log。

Perl/R

安装 R 包的一些事

Written by springwood 2013年8月27日2022年11月3日有 2 条评论

一、普通用户安装R包

现代版本的 R（4.X）已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法，不再往系统目录里面安装包了，而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如，假设 R 的路径是：~/miniconda3/lib/R/bin/R，则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面（在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性）。所以此时已经完全不需要担心权限的问题，直接安装即可：

install.packages("packagename");

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Biology Science

利用 Trinity+IGV 将 BLAT 的结果可视化

Written by springwood 2013年1月28日2022年11月9日有 4 条评论

课题组经常需要验证某个（或某些）注释的内含子是否存在，于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类，一类是高通量测序的 RNA-seq，这种 Map 比较简单，使用 tophat 处理即可得到比对结果，然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果（tophat 输出的是 bam 文件，在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引，否则速度慢得有你好受的……）

另一类是 EST，它们的序列比 RNA-seq 长一些，而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读，更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法，利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。