（一）参考基因组为minor allele
很多情况下，人类参考基因组上的碱基是major allele。但也有相当多的情况下，它们是minor allele，有时甚至是rare allele。
BRCA2基因上有一个变异位点编号为rs169547，为非同义突变。全世界98%的人都是等位基因C，只有2%的人是等位基因T。
但是参考基因组上的等位基因是T（GRCh37和38都是），这纯属侥幸。
作者： springwood
iOS添加各地区节假日日历
2023年更新：iOS 16 和 相应的 macOS 已经可以直接在日历里面添加节假日，不用人工输入URL。
iOS一般都会自带默认地区的节假日日历，例如国行版本自带中国大陆节假日日历（2022年已经有调休信息）。
下面介绍其他国家地区的日历订阅方法（如果只有iPhone：设置——邮件——账户——添加账户——其他——添加已订阅的日历。如果还有MacOS，则推荐在MacOS的日历——文件——新建日历订阅中添加，这样可以通过iCloud同步到iOS），参考来自Che’s Blog的文章，并实测有效：
sanger测序区分indel杂合子
NGS检测体细胞突变数据分析几个要点
mapping
在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1、chr1_gl000191_random这样的序列，把它们去掉！否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一，把mapping quality定为0，导致后续无法发现相应区域内的变异位点，造成假阴性！
CNV
不用什么特殊的软件或pipeline，直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度，然后除一下看看比例就行（用LOG2转换一下更形象）
SV
推荐使用COSMOS，速度比较快（5000X的大panel大约40min），无需复杂的参数，直接表格式结果，取size值高的即可（即supporting reads数目）。注意每个SV事件会列出两行。
SNP与INDEL
- 为了组合单倍型，GATK4 Mutect2可以加上
--max-mnp-distance参数（默认是1，可以增大比如20），但这不是万能的！拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对！必要时用IGV确认一下。 - FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法，把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
- INDEL存在位置滑移的问题，需要确定位于cDNA 3′ 端（可以用IGV核对一下，反正IDNEL不多）
- –germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性（例如SNP正好落在里面），如果时间充裕可以去掉它再运行一次，看看有没有多出来位点
购房记
2019年
- 年初：开始看房，但是感觉没有合意的（户型、朝向、周边环境、业主欠款情况），反而觉得自己现在租的这个最好，因此决定购买现在租的这个。
- 5月9日-5月20日：与业主协商价格、付款方式、贷款银行、合同条款等，自己录入网签合同，预约银行面签时间。
- 5月23日：和配偶、 业主一起去工商银行网点办手续：签合同、交定金、办理首期款资金监管（银行POS机刷的）、签各种贷款协议，由于是组合贷款，签字的地方比较多。
- 5月26日：评估公司上门评估。
- 5月27日：缴纳评估费。
- 6月4日：公积金审核完毕（在微信小程序上查得）。
- 6月13日： 工商银行电话审核。
- 6月17日：工商银行通知贷款已审核通过（其实6月14日已经能在app上查询获得贷款结果）。
- 6月20日：去不动产登记中心交件（在微信公众号上预约“国有建设用地使用权登记及房屋所有权转移登记”）、办理公证（业主香港人，需公证）
- 6月27日：去不动产登记中心缴税、领证、办理抵押（那儿居然不让复印产权证，只能自己拍照扫描了）。银行放首期款给业主。
- 7月3日：去把公积金取出来用了。
- 7月7日：在工行app上查到了贷款合同，时间为7月4日，显示额度为71万。
- 7月9日：工行贷款联系人告知商贷部分71万已放款，还款日期为下月开始每月9日。
- 7月12日：公积金放款