Posted in: Biology Science

利用 Trinity+IGV 将 BLAT 的结果可视化

课题组经常需要验证某个(或某些)注释的内含子是否存在,于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类,一类是高通量测序的 RNA-seq,这种 Map 比较简单,使用 tophat 处理即可得到比对结果,然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果(tophat 输出的是 bam 文件,在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引,否则速度慢得有你好受的……)

另一类是 EST,它们的序列比 RNA-seq 长一些,而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读,更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法,利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。

Posted in: Biology Science

从猴子到人

最近需要做一个课题需要涉及到与人近缘的物种,以前脑子里模模糊糊的印象有大猩猩、黑猩猩、猩猩,究竟谁排前面谁排后面仍然是一头雾水。今天正好整理了一下。

首先是到 ensembl 物种页面上找,看到长得像人(猴子)的,就记下来,一共找到 7 个,然后把这些名字输入到 NCBI 的物种分类网站上,定出大致的先后顺序。不过给出的结果把人、大猩猩、黑猩猩并列了,于是再到 TIME TREE 网站上找人与各个物种的分歧时间,结果出来了:应该先是黑猩猩,再是大猩猩。而且,其他6个物种与人都有分歧时间的数据。

附图:(那些数字就是分歧时间,单位:百万年)

Posted in: Study

好老师啊

10月2号时噩耗传来,那篇在 GBE 上拖了将近俩月的稿子被拒掉了,编辑的回信更是离奇,连审稿人的意见都没有,看来是根本没送审,就这么压在箱底压了俩月,最后来一句“新意不足”草草了事。

老师恰巧在那时外出了,于是我自己先修改文章格式,下一步考虑 Biology Direct。因为没有审稿意见,所以文章内容基本上不用动,不到一天就改好了,等待老师回来投稿。

老师昨天晚上才到北京,立马就赶来实验室。我们确认了一下修改的地方。由于 Biology Direct 需要有一个 Conclusion 的段落,以前投稿的几个杂志不需要,所以我完全自己撰写了一整段。以我自己的那个写作水平恐怕难以过关。不过这次老师基本上没动,仅在最后加了几句。

我们花了一个小时时间完成确认,然后上网填写资料、上传文件,OK,投稿完成。从退稿到再投,仅花了3天时间,想起国外某些老板把学生的文章一压就是 N年,我们的老师真 Nice 哇!

Posted in: Perl/R

CPAN 的配置与普通用户安装 Perl 模块

我以前曾经在讲 BioPerl 时有意无意地提到,安装 Perl 模块最简单的方法是:

把模块文件下载下来,放到自己的某个目录下面,再把该目录添加到自己的路径(~/.bashrc)里面。例如,以模块 List::MoreUtils 为例,它实际上代表一个名为 List 的文件夹,里面有一个名为 MoreUtils.pm 的文件。把这个文件夹放在自己的目录下面(例如,~/perlmodule/),再把~/perlmodule/目录添加到自己的 $PERL5LIB 变量里面就 OK 了。

export $PERL5LIB = $PERL5LIB:"~/perlmodule/"

自己曾经用这种傻瓜式的方法很长时间。但是这种方法只适合很简单的模块,稍微复杂一点的就不行了,比如依赖于其它模块的,或者需要复杂“处理”的。

Posted in: Ubuntu/Linux

开始使用坚果铺子

以下更新于2020年

顽强的坚果铺子 -> 坚果云,功能越来越强大!运行状态也越来越稳定。十年来几乎没有出现过任何故障。2011 年刚开始使用时是作为“分享下载链接”的工具,但现在我已经作为文件同步工具的“网盘”来使用。

另外还有一个神奇的一点,坚果云是中国为数不多的只需要电子邮件即可注册的 app,无需验证手机号就可以使用全部功能。

在日本使用坚果云时网络连接也很稳定。

以下原作写于2011年

前段时间云诺的口号喊得很响,但是云诺有一个致命的缺陷:我分享的文件别人必须注册登陆才可以下载。那我要这玩意儿有什么用?还不如直接注册一个公共邮箱来得方便。

这段时间从坚果铺子的微博上搞到一个邀请号,开始使用坚果铺子,和云诺一样也支持Linux客户端。起初我图方便,使用网页操作界面上传并分享了一个文件,结果到其它电脑上一试:游客还是无法下载,必须登陆才能下载。

又到微博上抱怨了一番,这回居然有回应了:原来需要使用客户端来设置匿名分享,这回Linux客户端真的派上用场了。

坚果铺子将在本月底开放注册,届时看看大家的反应,我将慢慢地把博客中的一些下载链接转移到坚果铺子。

Posted in: Ubuntu/Linux

红企鹅、黄企鹅与蓝企鹅

众所周知,IT 界有两只名声远扬的企鹅:一只是养得肥头大耳的腾讯红企鹅,一只是饿得瘦骨嶙峋的Linux黄企鹅,而且它们之间从来没有成功牵过手。

现在,我们将诞生一只蓝企鹅,为它们牵线。因为它使用了老版的 WebQQ 图标,故暂时称呼它为“蓝企鹅”。

我不在乎牵线是否成功(我很希望明年的今天能够成功),毕竟我付出过,就好。

gtkqq 项目主页:https://github.com/kernelhcy/gtkqq

PPA 地址:https://launchpad.net/~bill-zt/+archive/gtkqq, 现在我已经是它名义上的打包维护者啦

Ubuntu 论坛被盖楼过百层:http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?f=73&t=358133

2021/11/02 挖坟

时过境迁,红企鹅、黄企鹅与蓝企鹅全死了,现在变成了绿企鹅一统天下,令人想起了三国互斗最后西晋一统……

2022/12/01 挖坟

听说腾讯又开始用 Electron 折腾了。不过反正润了之后也不用红企鹅或绿企鹅了,让它们都消失在历史长河里吧。

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