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从ENA下载SRA

最近(2020年以来),Aspera(ascp)无法从NCBI下载SRA了,但是可以用ENA下载。现在以(SRR10609482)为例,官方教程在此:

版本问题

目前 Aspera(ascp)最新的是4.2.X版,但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件,所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号,因此这里提供一个 URL 解析的结果,下载 3.11.2 版:

https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz

步骤

获取准确链接

访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482,获取准确链接如下:

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz

可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082

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