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7天用 Flask 开发完一个生物信息学数据库的体会

这不是教程,而是我的随笔✏️

以前,做普通计算时用 Perl,开发数据库网页后台却用 PHP,然后前端还要用 JavaScript,简直要把人折腾死。后来普通计算从 Perl 转到 Python,发现 Python 有个工具叫做 Flask 可以代替 PHP 作为网页后台,那就方便了,能省用一种语言。

第一个 Flask 开发的工具是 2019 年刚开始学 Python 时开发的一个 Pipeline,不涉及数据库查询,只是接收输入、后台计算,得到结果,页面只有一个,比较简单。

这次开发的是真正的数据库,多个页面,需要与 MySQL 对接,而且也有 Pipeline 的内容。一共花了 7 天时间。生物信息学数据库与传统IT不一样的在于它多为纯查询类,不允许用户进行数据的增加、删除、修改,看起来应该很简单,但由于经常涉及到后台计算,可能还会碰到多线程分配问题。下面列条目说一下体会:

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生信者的 Windows PC

在过去的一年,历经波折,本以为要离开生信者行业,最后绕了一圈还是绕回来了。好在:博客不用改名了! 🙂

在上研究生的五年期间,作为一个生信者,个人的工作 PC 安装了 Ubuntu Linux 操作系统,当时最直接的原因是不想用 WIndows 下丑陋的 putty 作为 SSH 客户端来连日连夜的工作。页面丑、中文支持不好、X 支持不好……反正是各种毛病。再加上当时刚接触 Linux,自然也想需要有一个能够自己操控的平台用于练习。于是,我就在那台 08 年的 HP PC 上连续用了 5 年 7 个版本的 Ubuntu:10.04、11.10、12.04、12.10、13.04、13.10、14.04,直到今年 6 月份毕业。

Ubuntu 作为一个大众化的 Linux 发行版相比于 Windows 来说确实有很多优点:上手容易 + 界面美观而又轻巧。但是,在 Ubuntu 上不能轻松地使用 QQ,也不能完整地使用 Office,最基本的办公成了最麻烦的问题。

一晃眼,5 年时间过去了,世界发生了翻天覆地的变化:Linux 热潮已大幅度消减,取代而之的是智能手机、移动 OS 的天下。我的观念也发生了翻天覆地的变化:办公的基础是软件,而非 OS。在 Windows 平台寻找 putty 等软件的替代品显然比在 Linux 平台寻找 QQ、Office 等软件的替代品要容易得多。从今年 7 月份入职以来,我重新使用 Win7 作为自己办公的 PC 平台。经过两个月来的摸索,终于搜出了一些合口味的工具软件,能够让生信人非常舒服地办公。

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