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从ENA下载SRA

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最近（2020年以来），Aspera（ascp）无法从NCBI下载SRA了，但是可以用ENA下载。现在以（SRR10609482）为例，官方教程在此：

版本问题

目前 Aspera（ascp）最新的是4.2.X版，但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件，所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号，因此这里提供一个 URL 解析的结果，下载 3.11.2 版：

https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz

步骤

获取准确链接

访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482，获取准确链接如下：

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz

可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082。

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日本各主要城市与我国东部城市纬度对照表

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按纬度从北到南顺序

=== 北海道 ===
稚内 45°24′ 哈尔滨
旭川 43°46′ 长春
札幌 43°03′ 延边
函馆 41°46′ 沈阳

=== 东北地方 ===
青森 40°48′ 葫芦岛
仙台 38°15′ 沧州
新潟 37°54′ 石家庄

=== 关东地方 ===
东京 35°41′ 鹤壁
横滨 35°26′ 日照

=== 中部地方 ===
名古屋 35°10′ 菏泽

=== 近畿地方 ===
京都 35°00′ 临沂
大阪 34°41′ 郑州

=== 中国地方 ===
广岛 34°23′ 商丘

=== 四国 ===
松山 33°50′ 亳州

=== 九州 ===
福冈 33°35′ 淮安
熊本 32°48′ 阜阳
鹿儿岛 31°35′ 无锡

=== 冲绳 ===
那霸 26°12′ 福州（略偏南）
宫古 24°46′ 泉州

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一些有意思的SNP

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（一）参考基因组为minor allele

很多情况下，人类参考基因组上的碱基是major allele。但也有相当多的情况下，它们是minor allele，有时甚至是rare allele。

BRCA2基因上有一个变异位点编号为rs169547，为非同义突变。全世界98%的人都是等位基因C，只有2%的人是等位基因T。

但是参考基因组上的等位基因是T（GRCh37和38都是），这纯属侥幸。

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iOS添加各地区节假日日历

Written by springwood iOS添加各地区节假日日历有 4 条评论

2023年更新：iOS 16 和 相应的 macOS 已经可以直接在日历里面添加节假日，不用人工输入URL。

iOS一般都会自带默认地区的节假日日历，例如国行版本自带中国大陆节假日日历（2022年已经有调休信息）。

下面介绍其他国家地区的日历订阅方法（如果只有iPhone：设置——邮件——账户——添加账户——其他——添加已订阅的日历。如果还有MacOS，则推荐在MacOS的日历——文件——新建日历订阅中添加，这样可以通过iCloud同步到iOS），参考来自Che’s Blog的文章，并实测有效：

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NGS检测体细胞突变数据分析几个要点

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mapping

在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1、chr1_gl000191_random这样的序列，把它们去掉！否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一，把mapping quality定为0，导致后续无法发现相应区域内的变异位点，造成假阴性！

CNV

不用什么特殊的软件或pipeline，直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度，然后除一下看看比例就行（用LOG2转换一下更形象）

SV

推荐使用COSMOS，速度比较快（5000X的大panel大约40min），无需复杂的参数，直接表格式结果，取size值高的即可（即supporting reads数目）。注意每个SV事件会列出两行。

SNP与INDEL

  1. 为了组合单倍型，GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数（默认是1，可以增大比如20），但这不是万能的！拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对！必要时用IGV确认一下。
  2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法，把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
  3. INDEL存在位置滑移的问题，需要确定位于cDNA 3′ 端（可以用IGV核对一下，反正IDNEL不多）
  4. –germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性（例如SNP正好落在里面），如果时间充裕可以去掉它再运行一次，看看有没有多出来位点

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