GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:
GFF3转成GTF
gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E show all warnings
GTF转成GFF3
gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3
可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf
?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。