Biology Science

GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老，但确实有些软件（即使是最近的，例如SQANTI）会用到。转换的方法可能有各种各样，下面给出我实践过可行的方法：

Table of Contents

GFF3转成GTF

gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F   preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E   show all warnings

gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf？主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉（我手头上的v1.5.8），所以不用了。