Conda是什么

可能在很多网上都能找到跟Conda相关的教程。那么Conda到底有什么用呢？其实它的主要目的就是解决这种千古难题：

如何在老服务器（例如CentOS 6）上安装Python 3.8？R 4.0？Perl 5.26？而且你可能没有root权限？

在Conda出现之前，这个问题基本束手无策。Conda出现之后这个问题迎刃而解，所需要的前提只有一个：你拥有足够大的硬盘空间。在Conda下你的操作场景可能是：

1. 登陆Server，自动进入Conda的基础环境（base）
2. 在base安装Python 3.8，完成任务A
3. 需要执行特殊任务B，需要老的Python 3.2，则新建一个环境（env），进入、安装Python 3.2，执行。
4. 退出，回到base，继续用Python 3.8完成其他任务C、D、E

值得一提的是，你无需为各种环境变量发愁（例如Python的第三方包安装在什么路径下面？Perl的CPAN包安装在什么路径下面？R的CRAN包安装在什么路径下面？所有的这些，Conda的环境都已经帮你包装好了。你所需要做的，就是：进入环境——安装软件——执行任务——退出环境。当然代价是所需硬盘空间大了。

Conda的重要操作

需要注意的是Conda所有操作都不需要root权限，所有文件都位于家目录下面某个位置（在你第一次安装时设定，这是唯一需要记住的位置）。重要操作如下：

1. 安装Conda、添加频道和设置源地址
2. 在base环境中安装软件。
3. 新建特定的环境。
4. 在环境中安装软件。
5. 在环境中（包括base）执行任务。
6. 在HPC（集群）中执行任务。

除了最后一项之外，其他所有的都能在网上找到教程。下面这些只做为我自己简单备忘录。

安装Conda、添加频道和设置源地址

安装地址链接。

安装中途会让你指定安装地址（默认是~/miniconda3），需要记住。

安装完之后退出终端再重新登陆，你会发现变成了这样：

(base) [myusername@log1 ~]$

前面的(base)表示你已经处于Conda的base环境下，这是由于安装过程中自动帮你设置了~/.bashrc。对于这种行为有人感到讨厌，有人觉得方便。这些都没问题，你要觉得讨厌。自己去把~/.bashrc里面不想要的内容删除就好了。事实上，Conda如此强大以至于让它接管整个系统一点问题也没有。想想以前没有root权限的情况下安装软件多么痛苦。

添加频道和源地址的方法：

(base) [myusername@log1 ~]$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) [myusername@log1 ~]$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) [myusername@log1 ~]$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

# 以下两个是给我所在的计算生物学行业使用的
(base) [myusername@log1 ~]$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(base) [myusername@log1 ~]$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/

这些内容实际上被写入了 /home/myusername/.condarc，可以进去看看，发现有重复的可以删掉。

安装、更新、删除软件

# 以安装R为例
conda install R #会显示版本让你确认，写文章时默认是3.6

# 安装指定版本
# 一个等号是模糊匹配，两个等号是精确匹配
conda install R=4.0

# 安装高于某版本，注意不要漏掉引号
conda install 'samtools>1.10'

# 更新
conda update R

# 移除
conda remove R

# 显示当前已安装的软件
conda list # 可以跟上软件名字

显然，这些操作全部只影响base环境。

这里还有个问题：我怎样知道软件包的准确名字？答案是在Anaconda官网里面搜索。

新建特定的环境并在其中执行任务

# 新建一个叫做 myenv 的环境
conda create -n myenv  # python=3或2可选
# 查看所有环境
conda env list
# 激活环境
conda activate myenv
# 然后进行正常的安装、运行等操作。

# 退出环境
conda deactivate  # 回到base
# 删除环境
conda remove -n myenv --all

注意：默认情况下，base环境和新建的环境之间是并列关系，不是继承关系。这意味着base环境下自己安装的所有软件都不能在新环境的使用。（至于以后会不会发展出一些特定参数能够继承base中的某些软件？也有可能）。时间不着急、空间不紧的，建议重新安装软件。时间紧或空间紧的可以自己做一些超级链接。

在HPC（集群）中执行任务。

这是很多教程里没有讲到的。其实也很简单，在提交的脚本最前面加上如下内容就好了：

# 进入base环境
source /your/path/to/miniconda3/bin/activate # 这就是之前说要记住的位置

# 执行自己的任务
# ......

# 进入myenv环境
conda activate myenv
# 执行自己的任务
# ......
# 退出myenv环境，回到base
conda deactivate

# 执行自己的任务
# ......

可见不论是在本地运行还是在HPC上运行，你所需要做的就是切换环境，而无须考虑各种复杂的环境变量。

卡在solving environment了？

mamba大法好（mamba是剧毒的曼巴蛇）