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图灵的“停机问题”

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资料来自：科普书《复杂》和知乎网站。

假设存在这么一个“停机程序”，不管它是怎么实现的，但是它能够回答“停机问题”：它接受一个“程序”和一个“输入”，然后判断这个“程序”在这个“输入”下是否能给出结果：

def is_halt(program, input) -> bool:
  # 返回 True  如果 program(input) 会返回
  # 返回 False 如果 program(input) 不返回

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安装 R 包的一些事

Written by springwood 安装 R 包的一些事有 2 条评论

一、普通用户安装R包

现代版本的 R（4.X） 已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法，不再往系统目录里面安装包了，而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如，假设 R 的路径是：~/miniconda3/lib/R/bin/R，则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面（在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性）。所以此时已经完全不需要担心权限的问题，直接安装即可：

install.packages("packagename");

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Posted in: Perl/R

使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列

Written by springwood 使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列有 9 条评论

以下2019/9/9更新

BioPython对efetch工具进一步做了整合，详情参考此博客以及BioPython中文页面。注意需要特别小心rettype的写法！

简单语法如下：

from Bio import Entrez

Entrez.email = '[email protected]'

fetch_handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=["X55964"], rettype="fasta", retmode="text") # id是列表

data = fetch_handle.read() # 字符串搞定

以下为2011年原文：

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