“密码子简并”的概念在中学生物里就提过，即几个不同的密码子可以编码相同的氨基酸。但是密码子简并的规律之前却一直是模模糊糊的，趁这次刚完成类似的课题。趁热打铁总结一下：
首先，为了直观、方便地看密码子的简并，我们需要一张“环形密码子图”，而非通常教科书上的那种“方格形密码子表”。下面就是我常用的一张环形密码子图，它的核心由三个同心圆组成：由里到外分别表示第 1 位、第 2 位和第 3 位密码子，外圈是密码子编码的氨基酸及其理化特性。
RSS：从鲜果网到feeder
自从Google Reader被墙之后，换到了鲜果网，现在悲剧的时刻到来了：
致鲜果RSS阅读器用户:各位鲜果RSS阅读器用户，很遗憾的通知大家，鲜果团队将在2014年12月12日关闭RSS订阅服务。感谢大家长期以来的支持，希望大家理解我们的这一决定。 鲜果团队今后将更加专注于鲜果客户端的发展，为大家提供更优质的阅读体验。请到各大应用市场搜索“鲜果”或访问http://xianguo.com/apps下载鲜果客户端。 从即日起，RSS阅读器用户可以通过鲜果网导出自己的订阅数据，导出网址：http://xianguo.com/my/opml。用户以前收藏的文章还可以继续登录鲜果阅读。 如您希望继续使用其他RSS订阅服务，可参考罗昭锋老师的迁移教程 http://t.cn/R7gNUUP (同时提供视频 http://t.cn/R7gNUUv). 非常感谢罗昭锋老师！ 谢谢！
——鲜果团队
接下来先考虑inoreader吧。试用一段时间后再来报告。
博客被疯狂刷流量了
以前博客遇到过被植入恶意代码的。这次黑客攻击更隐秘了，今天发现博客的流量居然已经达到了限额的90%（以前流量从来不会超过10%），我下意识的感觉肯定出问题了，马上联系客服。然后明白了需要去看 log 文件。果然，一堆的 IP 在频繁地 GET，几乎每几秒钟一个，简直达到了丧心病狂的程度。这堆 IP 全部来自于同一个地方：福建莆田电信。
然后，在客服的指导下，开始向 .htaccess 里面写入语句：
Order Allow,Deny
Allow from all
Deny from XXX.XXX.XXX.XXXOK，上传之后，再查看 log，所有的这些 IP 的 GET 请求全部变成了 403，表明已经 deny。
在此提醒广大博主：请注意经常监控流量、磁盘以及查看 log。
安装 R 包的一些事
普通用户安装R包
现代版本的 R（4.X） 已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法，不再往系统目录里面安装包了，而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如，假设 R 的路径是：~/miniconda3/lib/R/bin/R，则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面（在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性）。所以此时已经完全不需要担心权限的问题，直接安装即可：
install.packages("packagename");利用 Trinity+IGV 将 BLAT 的结果可视化
课题组经常需要验证某个（或某些）注释的内含子是否存在，于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类，一类是高通量测序的 RNA-seq，这种 Map 比较简单，使用 tophat 处理即可得到比对结果，然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果（tophat 输出的是 bam 文件，在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引，否则速度慢得有你好受的……）
另一类是 EST，它们的序列比 RNA-seq 长一些，而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读，更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法，利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。
从猴子到人
最近需要做一个课题需要涉及到与人近缘的物种，以前脑子里模模糊糊的印象有大猩猩、黑猩猩、猩猩，究竟谁排前面谁排后面仍然是一头雾水。今天正好整理了一下。
首先是到 ensembl 物种页面上找，看到长得像人（猴子）的，就记下来，一共找到 7 个，然后把这些名字输入到 NCBI 的物种分类网站上，定出大致的先后顺序。不过给出的结果把人、大猩猩、黑猩猩并列了，于是再到 TIME TREE 网站上找人与各个物种的分歧时间，结果出来了：应该先是黑猩猩，再是大猩猩。而且，其他6个物种与人都有分歧时间的数据。
附图：（那些数字就是分歧时间，单位：百万年）
好老师啊
10月2号时噩耗传来，那篇在 GBE 上拖了将近俩月的稿子被拒掉了，编辑的回信更是离奇，连审稿人的意见都没有，看来是根本没送审，就这么压在箱底压了俩月，最后来一句“新意不足”草草了事。
老师恰巧在那时外出了，于是我自己先修改文章格式，下一步考虑 Biology Direct。因为没有审稿意见，所以文章内容基本上不用动，不到一天就改好了，等待老师回来投稿。
老师昨天晚上才到北京，立马就赶来实验室。我们确认了一下修改的地方。由于 Biology Direct 需要有一个 Conclusion 的段落，以前投稿的几个杂志不需要，所以我完全自己撰写了一整段。以我自己的那个写作水平恐怕难以过关。不过这次老师基本上没动，仅在最后加了几句。
我们花了一个小时时间完成确认，然后上网填写资料、上传文件，OK，投稿完成。从退稿到再投，仅花了3天时间，想起国外某些老板把学生的文章一压就是 N年，我们的老师真 Nice 哇！