月度归档： 2019年7月

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NGS检测体细胞突变数据分析几个要点

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一、mapping

在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1、chr1_gl000191_random这样的序列，把它们去掉！否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一，把mapping quality定为0，导致后续无法发现相应区域内的变异位点，造成假阴性！

二、CNV

不用什么特殊的软件或pipeline，直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度，然后除一下看看比例就行（用LOG2转换一下更形象）

三、SV

推荐使用COSMOS，速度比较快（5000X的大panel大约40min），无需复杂的参数，直接表格式结果，取size值高的即可（即supporting reads数目）。注意每个SV事件会列出两行。

四、SNP与INDEL

  1. 为了组合单倍型，GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数（默认是1，可以增大比如20），但这不是万能的！拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对！必要时用IGV确认一下。
  2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法，把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
  3. INDEL存在位置滑移的问题，需要确定位于cDNA 3′ 端（可以用IGV核对一下，反正IDNEL不多）
  4. –germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性（例如SNP正好落在里面），如果时间充裕可以去掉它再运行一次，看看有没有多出来位点

最后更新于 2022 年 11 月 9 日 作者 springwood

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