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安装 R 包的一些事

Written by springwood 安装 R 包的一些事有 2 条评论

普通用户安装R包

现代版本的 R（4.X） 已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法，不再往系统目录里面安装包了，而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如，假设 R 的路径是：~/miniconda3/lib/R/bin/R，则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面（在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性）。所以此时已经完全不需要担心权限的问题，直接安装即可：

install.packages("packagename");

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CPAN 的配置与普通用户安装 Perl 模块

Written by springwood CPAN 的配置与普通用户安装 Perl 模块有 4 条评论

我以前曾经在讲 BioPerl 时有意无意地提到，安装 Perl 模块最简单的方法是：

把模块文件下载下来，放到自己的某个目录下面，再把该目录添加到自己的路径（～/.bashrc）里面。例如，以模块 List::MoreUtils 为例，它实际上代表一个名为 List 的文件夹，里面有一个名为 MoreUtils.pm 的文件。把这个文件夹放在自己的目录下面（例如，~/perlmodule/），再把~/perlmodule/目录添加到自己的 $PERL5LIB 变量里面就 OK 了。

export $PERL5LIB = $PERL5LIB:"~/perlmodule/"

自己曾经用这种傻瓜式的方法很长时间。但是这种方法只适合很简单的模块，稍微复杂一点的就不行了，比如依赖于其它模块的，或者需要复杂“处理”的。

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使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列

Written by springwood 使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列有 9 条评论

天朝的网速已经不能容忍了。

在此推荐一个新的下载序列的方法：使用 EMBL-EBI 的 dbfetch 工具，它的主页是：http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/emblfetch

你需要提供的信息有：序列的 ID 号、序列所在的数据库、序列的格式、下载的文件类型。注意：前面三个信息不是随意搭配的，EBI 支持的数据库列表参见 http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/dbfetch.databases，每种数据库只能支持特定的 ID 号以及特定的序列格式，别张冠李戴了。

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