安装 R 包的一些事

普通用户安装R包

现代版本的 R（4.X） 已经模仿 Python、Ruby 等流行软件的做法，不再往系统目录里面安装包了，而是默认会把包安装在自身 R 对应的 Library 下面。例如，假设 R 的路径是：~/miniconda3/lib/R/bin/R，则包默认就会在 ~/miniconda3/lib/R/library/ 下面（在此我们再一次看到了用 conda 而非用系统内置的 R 的重要性）。所以此时已经完全不需要担心权限的问题，直接安装即可：

install.packages("packagename");

指定国内镜像站点

安装 R 包还有一个特别需要注意的问题是设置下载网址。默认情况下它会从国外的网站下载，速度很慢。我们可以改成国内的网站（例如我喜欢用 http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ 这个科大的镜像），在 .Rprofile 配置文件里面写入：

local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN"
options(repos=r)})

安装指定版本的包

require(devtools)
install_version("nloptr", version = "1.2.1")

这招简直就是救命的神器，思考一下这样一个场景：

1. 你需要安装一个包叫做A。
2. R默认会去安装最新版本的A，假设它的发表日期是6个月前。
3. A引用了另外一个包B。A作者发表时，B的版本是9个月前的v1。令A没想到的是，上个月B又发表了新版本v2，而且v2和v1语法还不一样。
4. 这时R会自动去下载Bv2，于是你无论如何都安装不上去。
5. 解决方法就是先把Bv2删除，安装Bv1，再安装A。

如果是bioConductor怎么办？

Very easy，首先把bioconductor安装上：

install.packages("BiocManager")

然后就用以下方法安装：

BiocManager::install("snpStats")

但问题在于bioConductor也会很慢，因此也要在 .Rprofile 配置文件里设置镜像。

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

事实上与其这么麻烦，还不如上Conda。

先把包下载到本地再安装（对于没有润的人）

有些时候下载包会特别慢（例如从github或从bioconductor的注释库），这时候需要先把包（.tar.gz格式或者解压后目录）下载到本地，再用如下方式安装：

install.packages("/your/path/package/", repos=NULL, type="source")