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投稿 Molecular Biology and Evolution

自从 2017 年底在 Bioinformatics 期刊装逼失败以来由于去了公司工作,五年没投过论文了。

现在到了大学,而且是第一次在国外大学 Postdoc,必须好好努力以得到 boss 赏识。自从上次一鼓作气七天之内开发完一个数据库后,整理数据、写论文初稿,等待共同作者意见整理,终于在年末投稿。

Molecular Biology and Evolution 这个期刊 IF 在 8~16 之间波动,十年前在博士期间课题组也投稿过多次,无一命中。这次能否迎来好运呢?

Posted in: Biology Science, Python

7天用 Flask 开发完一个生物信息学数据库的体会

这不是教程,而是我的随笔✏️

以前,做普通计算时用 Perl,开发数据库网页后台却用 PHP,然后前端还要用 JavaScript,简直要把人折腾死。后来普通计算从 Perl 转到 Python,发现 Python 有个工具叫做 Flask 可以代替 PHP 作为网页后台,那就方便了,能省用一种语言。

第一个 Flask 开发的工具是 2019 年刚开始学 Python 时开发的一个 Pipeline,不涉及数据库查询,只是接收输入、后台计算,得到结果,页面只有一个,比较简单。

这次开发的是真正的数据库,多个页面,需要与 MySQL 对接,而且也有 Pipeline 的内容。一共花了 7 天时间。生物信息学数据库与传统IT不一样的在于它多为纯查询类,不允许用户进行数据的增加、删除、修改,看起来应该很简单,但由于经常涉及到后台计算,可能还会碰到多线程分配问题。下面列条目说一下体会:

Posted in: Biology Science

GTF与GFF3的相互转换

GTF虽然比较古老,但确实有些软件(即使是最近的,例如SQANTI)会用到。转换的方法可能有各种各样,下面给出我实践过可行的方法:

一、GFF3转成GTF

gffread old.gff3 -E -F -T -o new.gtf
# -F   preserve all GFF attributes (for non-exon features)
# -E   show all warnings

二、GTF转成GFF3

gffread old.gtf -E -F --keep-genes -o new.gff3

可能有人会问GFF3转成GTF为什么不用gt gff3_to_gtf?主要问题在于这样子会把ID编号全部丢掉(我手头上的v1.5.8),所以不用了。

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PharmGKB数据库中的基因下载页面

PharmGKB有一个隐藏得很深的基因下载页面,在这里可以下载获得各种excel格式的Haploid定义表、功能表、频率表等。

URL是:https://www.pharmgkb.org/page/cyp2a6RefMaterials,把其中的cyp2a6替换成自己要的基因即可。

全部的基因列表是:https://www.pharmgkb.org/page/pgxGeneRef

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从ENA下载SRA

最近(2020年以来),Aspera(ascp)无法从NCBI下载SRA了,但是可以用ENA下载。现在以(SRR10609482)为例,官方教程在此:

版本问题

目前 Aspera(ascp)最新的是4.2.X版,但是它有个问题是不存在 .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 这个文件,所以需要找老版本。遗憾的是官网下载老版本需要注册登录账号,因此这里提供一个 URL 解析的结果,下载 3.11.2 版:

https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz

第一步:获取准确链接

访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR10609482,获取准确链接如下:

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/082/SRR10609482/SRR10609482_2.fastq.gz

可以看出中间出现了一个奇怪的三位数082

Posted in: Biology Science, Science

一些有意思的SNP

(一)参考基因组为minor allele

很多情况下,人类参考基因组上的碱基是major allele。但也有相当多的情况下,它们是minor allele,有时甚至是rare allele。

BRCA2基因上有一个变异位点编号为rs169547,为非同义突变。全世界98%的人都是等位基因C,只有2%的人是等位基因T。

但是参考基因组上的等位基因是T(GRCh37和38都是),这纯属侥幸。

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